Die Bestände des Staatsarchivs gliedern sich in mehrere Hauptabteilungen. Sie sind in der Archivdatenbank recherchierbar.
Direktlink zur Archivdatenbank. Das Archivgut des Staatsarchivs Obwalden ist auch in einer archivübergreifenden Suche auf Archives Online recherchierbar. 

VORSTAATLICHE UND STAATLICHE UNTERLAGEN
Die Hauptabteilungen A, B, C, D, E, F und G enthalten die Unterlagen der vorstaatlichen und staatlichen Institutionen des Kantons Obwalden. Bis 1981 erfolgte die Archivierung nach dem Pertinenzprinzip (Gliederung nach Sachbetreff). Die Hauptabteilungen A-D sind nach dem Pertinenzprinzip erschlossen, die Hauptabteilungen E, F und G nach dem Provenienzprinzip  (Gliederung nach Entstehungszusammenhang). Die Provenienz richtet sich nach den Bezeichnungen im Staatskalender.
Die Hauptabteilungen A-G enthalten Unterlagen aus verschiedenen Zeiträumen:

A  Altes Archiv (Laufzeit 1210-1798)
Die Hauptabteilung A enthält Urkunden, Bände und Akten aus dem angegebenen Zeitraum.

B  Helvetik (Laufzeit 1798-1803)
Die Hauptabteilung B enthält Urkunden, Bände und Akten aus dem angegebenen Zeitraum.

C  Mediation / Bundesstaatsgründung (Laufzeit 1803-1850)
Die Hauptabteilung C enthält Bände und Akten aus dem angegebenen Zeitraum.

D  Moderne (Laufzeit 1850-1981)
Die Hauptabteilung D enthält Bände, Akten, Pläne, Fotos, Audioaufnahmen aus dem angegebenen Zeitraum. Ebenfalls in der Hauptabteilung D enthalten sind die Kriegswirtschaftsarchive aus dem Ersten und Zweiten Weltkrieg.

E  Zugänge seit 1981 (Laufzeit ab 1848)
Die Hauptabteilung E ist nach dem Provenienzprinzip gegliedert. Sie enthält sämtliche Unterlagen, die nach 1981 ins Staatsarchiv gelangt sind. Da nach 1981 auch alte Bestände abgeliefert wurden, finden sich Archivalien aus dem Zeitraum von ca. 1850 bis 1981 sowohl in der Abteilung D als auch in der Abteilung E.

F  Kantonsrat, Regierungsrat (ab 1803)
Die Hauptabteilung F enthält die grundlegenden Protokollserien und Akten der Legislative (Kantonsrat ab 1850) und der Exekutive (Regierungsrat ab 1803).

G  Gerichtsarchiv (ab 1850)
Die Hauptabteilung G enthält die Protokollbände und Gerichtsakten der Obwaldner Gerichte ab zirka 1850.

AMTSDRUCKSCHRIFTEN
Die Hauptabteilung T enthält die gesammelten Amtsdruckschriften des Kantons Obwalden ab 1808. Dabei handelt es sich um amtliche Publikationen, die einen Einblick in die Funktionsweise der kantonalen Verwaltung und deren Kommunikation mit der Öffentlichkeit ermöglichen.

T  Amtsdruckschriften (ab 1808)
Das Staatsarchiv ist bestrebt den Zugang zu den Amtsdruckschriften möglichst einfach zu gestalten. Einzelne Amtsdruckschriften sind über die Archivdatenbank ScopeQuery ganz oder zumindest teilweise elektronisch verfügbar.


NICHTSTAATLICHE UNTERLAGEN
Neben den vorstaatlichen und staatlichen Unterlagen, die vor allem das Handeln der Regierung und Behörden des Kantons abbilden, beherbergt das Staatsarchiv Obwalden auch eine Reihe von bedeutenden Privatarchiven sowie diverse nach Kategorien angelegte Sammlungen. 

P  Privatarchive (ab 1417)
In der Hauptabteilung P finden sich Archive von Vereinen, Gesellschaften, Firmen, Korporationen sowie Familienarchive und Nachlässe von bekannten Obwaldner Persönlichkeiten.
Das grösste Privatarchiv ist das Archiv des Benediktinerkollegiums Sarnen => Sarner Bestand des Stiftsarchivs im Online-Katalog des Staatsarchivs oder in der Online-Datenbank des Stiftsarchiv Muri-Gries.

S  Sammlungen (ab dem 18. Jh.)
Die Hauptabteilung S enthält Sammlungen von genealogischen Unterlagen, Leidbildern, Postkarten, vereinzelten Plänen und Karten, Fotografien, audiovisuellen Medien, Zeitungen und Druckschriften, Abschriften und Kopien von Fremdbeständen sowie Realia.

Die Bestände des Staatsarchivs sind über die Archivdatenbank erschlossen.